El pueblo se creó entorno a un cenobio cisterciense fundado por monjes franceses en el siglo XI, de donde viene el topónimo, "vico francorum", pueblo de francos. Villafranca era la escala preliminar a tierras gallegas, donde los peregrinos podían reponer fuerzas y curar de sus dolencias antes de emprender la peligrosa travesía de los Ancares.
Alfonso IX concedió fueros a la villa en 1.196, a partir del siglo XIV se convirtió en señorío de los condes de Medinacelli y en el siglo XV experimentó un gran desarrollo demográfico y urbanístico. En los siglos posteriores, Villafranca del Bierzo ha mantenido una importante economía agraria, basada en la explotación de su riqueza vinícola.