Se encuentra en el barrio de Thisío, con la entrada principal en la calle Andrianou. El Ágora fue excavado en 1935, encontrándose restos de épocas que iban del siglo VI a. C. al siglo V d. C. Después de las invasiones de los pueblos eslavos quedó destruida casi totalmente, aunque en época bizantina se utilizó; del siglo XI es la iglesia de Agii Apostoli, cuya cúpula está sostenida por columnas romanas.

El recinto de forma rectangular, atravesado por la Vía de las Panateneas, alberga los restos de varios edificios antiguos. Uno de los primeros que se observan es la base del tholos del siglo V a. C., edificio circular que servía para las reuniones de los magistrados. Bajando encontramos el Estratigion, el cuartel de los diez estrategas, cerca del Bulefterion o Sala del Consejo, también de finales del siglo V a. C.
Al lado de estas construcciones se encuentra el Mitroon, gran edificio que contaba con muchas salas distintas que se usaban como santuario y como archivo estatal, entre otros usos. Alrededor de la gran cloaca se levantaban varios templos, como por ejemplo el altar de Zeus Agoreos; el templo de Apolo Patroos (solo se han mantenido dos columnas); la stoa (pórtico) de Zeus Eleftherios, que data del siglo V a. C.; y las bases de un templo a Zeus y Atenea.

Cruzando la vía del tren se alza la iglesia de Agios Filipos y la stoa Pikilé, que es el pórtico más antiguo del Ágora. Era en este lugar donde enseñaba el filósofo Zenón, surgiendo precisamente de la palabra stoa el nombre de su corriente de pensamiento: el estoicismo. Siguiendo la vía de las Panateneas hacia el sur, aparecen los restos del Altar de los Doce Dioses y del templo de Ares. Otro edificio señalado es el Odeón de Agripa, que data del año 15 a. C., en el que podían entrar hasta 1000 personas.

El edificio más famoso del Ágora es la stoa de Atalo, del año 150 a. C., que fue construida por orden de Atalo, rey de Pérgamo. En los años cincuenta del siglo XX se reconstruyó para servir como museo y poder albergar las miles de piezas arqueológicas que aparecieron en todo el Ágora. En este museo se pueden contemplar, entre otras cosas, la conocida estatua de Apolo Patroos, del siglo IV a. C.

El horario de visitas es de 8:00 a 19:30 h, encontrándose cerrado los lunes.