En la zona denominada Reales Chicos existieron minas de oro y plata que fueron explotadas por los fenicios y los cartaginenses, lo que demuestra la presencia de culturas antiguas en estas tierras. El nombre de Genalguacil deriva del árabe `Genna-Alwacir` que significa los jardines del ministro. De ello se deduce que el origen de la localidad es árabe. Fue un núcleo de población próspero durante años gracias a la explotación de minerales como el oro, la plata y el cobre en las minas que Los Morteretes. Perteneció durante años al señorío del Duque de Arcos, de la familia Ponce de León hasta 1856 cuando la ley suprimió estos privilegios. En la actualidad se pueden ver algunos vestigios de ellas. Genalguacil fue repoblada por los cristianos de otras zonas después de que los moriscos fueran expulsados en el siglo XV. Esta localidad obtuvo el título de Villazgo pero no se sabe con certeza quien se la concedió.