En el término de Isla se han encontrado restos de época musteriense - asturiense de hace unos 40.000 años, quedando demostrado que el hombre ya vivía en Punta de la Cueva, cerca del cabo Quejo. Durante la Edad Media estas tierras dependían del Monasterio de Santa María del Puerto de Santoña, levantándose en 1084 la ermita de Santa Juliana para centralizar la actividad económica y espiritual. Isla comenzó a desarrollarse como pueblo marinero y marisquero desde 1900 siendo en la actualidad además un importante enclave turístico.