Debido al terremoto de 1766, la mezquita fue dañada severamente y Selim III (1789-1807) ordeno que fuera demolida a excepción de sus minaretes, a fin de reconstruir de nuevo la forma desde el principio. Las obras de construcción de la nueva mezquita, que es la que se conserva a día de hoy duraron cerca de 2 años desde 1798 hasta 1800.
La mezquita tiene un plan octagonal con una cúpula central. El patio es rectangular y está cubierto en sus tres lados con pisos de galería. La media del diámetro de la cúpula es de 17,5 m. La cúpula está apoyada por seis columnas y dos arcos. Desde el patio interior hay una entrada a la tumba del Sultán Eyup, que está cubierta con azulejos en el interior y está considerada una de las tumbas más visitadas en Estambul. El sarcófago en la tumba tiene una sólida parrilla de plata con rica ornamentación que lo rodea, que fue ordenada por el sultán Selim III.