La villa debe su nombre a Bar que en alemán significa oso. Su fundador fue Berchtold V de Zähringen, uno de los dirigentes del Sacro Imperio Romano Germánico, que en 1191 levantó una fortaleza en el promontorio del río Aar (Nydeeg). Ya en el siglo XIV la ciudad se convirtió en una poderosa república urbana, con gran autoridad sobre el resto del territorio, y en el siglo XV era una potencia europea. Consiguió su posición después de las victorias conseguidas frente al Duque de Borgoña, en 1476 y 1477. Durante los siglos XVII y XVIII adquirió una creciente prosperidad gracias a sus tropas mercenarias y a sus conocimientos militares.
Desde 1798 los territorios de Berna fueron confiscados por Napoleón hasta su derrota en 1815, pero en la década de 1830 les fueron devueltos. En 1848 la Confederación Suiza adoptó su actual configuración democrática y Berna fue elegida como capital de la misma.