La Basílica que se encuentra en la Plaza de San Clemente adyacente a la calle San Juan de Letrán - no lejos del Coliseo - está construida en tres niveles de diferentes épocas. La parte inferior, la más antigua, fue inicialmente parte de la Casa de la Moneda de Roma, luego trasladada por Domiziano. Junto a ella, en el siglo II se construyó una "domus", en cuyo patio en el siglo III se construyó un Mitreo (santuario de Mitra, dios que se encargaba de los equinoccios), donde el principal de las tres zonas con bóveda rebajada se cubría con piedra pómez para simular una caverna.
El Mitreo pronto se convirtió en una "Domus ecclesia" (donde los primeros cristianos oficiaban secretamente sus ritos) tal vez de San Clemente, identificado como el tercer papa y hecho mártir por Domiziano. Sobre estos edificios en el siglo IV se construyó la Basílica Inferior de San Clemente, que constituye el segundo nivel. Está dividida en tres naves por columnas, está precedida por un nártex y fue una de las basílicas paleocristianas más importantes.
Arruinada por los normandos en 1084, fue cubierta de tierra y reforzada para sostener una nueva Basílica que fue colocada sobre los restos de la antigua en 1108 por deseo de Pascual II. Terminada en 1123 presenta un hermoso pórtico medieval cuadrado que precede a la entrada de la Basílica de San Clemente. Imita a la iglesia subyacente del siglo IV con tres naves, cada una de las cuales termina con su propio ábside. Las columnas que separan los pasillos son de diferente origen. En la nave central se encuentra la Schola Cantorum del siglo XII con elementos originales de la basílica inferior. En la primera capilla a la derecha, dedicada a San Domenico, se representan escenas del santo atribuido a Sebastiano Conca.
En la primera capilla a la izquierda dedicada a Santa Catalina encontramos los famosos frescos de Masolino da Panicate realizados en 1428-31 con la contribución de otros artistas entre los cuales quizás Masaccio.
Entre 1713 y 1719 el papa Clemente XI confió la reparación a Carlo Fontana, quien se encargó de las decoraciones del barroco tardío. En la fachada (que se abre en la homónima plaza de San Clemente y que precede al porche cuadrado) bajo el tardío "maquillaje" barroco de la Fontana se conserva el antiguo vestíbulo de ladrillo, con columnas de granito del siglo XII.
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