La historia de Sant Francesc Xavier está muy ligada a la historia general de la isla, como es lógico en un territorio del tamaño de Formentera.
Una de las constantes de la isla ha sido y es su dispersión demográfica. Además, Formentera estuvo despoblada entre los siglo XIV y XVII, debido sobre todo a la dificultad para defenderse de las constantes invasiones de los berberiscos. También la dureza de las condiciones climáticas empujó a aquellos hombres a abandonar esta tierra. Y es que bajo la belleza actual de la isla, se esconde una isla muy árida y calurosa.
Un siglo después, en el XVIII, varias decenas de ibicencos llegaron a la isla de Formentera para comenzar su repoblación.
En la actualidad, la isla cuenta con 5000 habitantes y cada día del verano recibe a unos 25.000 turistas que se esparcen por sus rincones en busca de parajes y playas vírgenes.