La iglesia Panagia Muhliotissa se encuentra justo al lado de la escuela secundaria griega Fener en la puerta oeste. Es la única iglesia que ha quedado de la época bizantina y la cual hasta el día de hoy aun funciona. La iglesia fue construida en el siglo 13 ya que María, hija del emperador Miguel VIII Paleólogo (1261-1282), había designado su propia tierra para que la iglesia fuera construida. La iglesia Panagia Muhliotissa fue dañada por los incendios en tres ocasiones durante los años de 1633, 1640 y 1729, sin embargo esto ha llevado a su ampliación a sus lados oeste y sur durante los trabajos de reparación. El edificio cuenta con un plan de trébol. En el centro del edificio, hay una cúpula alta de tambor con ladrillos en ella. También hay bóvedas que cubren la media de otras partes del edificio. En el este de la zona principal, hay un iconostasio de madera, silla déspota y ambón. Ellas están adornadas con escenas a base de hierbas que se pueden ver grabados o en los relieves. En la línea inferior del iconostasio, los iconos son de plata adornados con obras contempladas en los relieves.