Los primeros en gobernar la isla fueron los árabes (siglos IX y X). Por entonces la isla se llamaba El Khandak y era el centro del comercio de esclavos en el Mediterráneo. Cuando los bizantinos invadieron la isla, echando a los árabes, pasó a llamarse Khandakos. Después llegaron los venecianos, que llamaron a la ciudad Candia y gobernaron la isla durante más de cuatro siglos. Finalmente pasó al dominio turco en 1669 (tras 21 años de resistencia). Pero el dominio turco vio su fin en 1898, cuando Creta se independizó y la ciudad pasó a tener el nombre de Heraklion, pero la capital pasó a ser Hania. Sin embargo, Heraklion se convirtió en un gran centro comercial, dado su estratégica posición. Durante la Segunda Guerra Mundial la ciudad sufrió grandes destrozos por los bombardeos. En el año 1971 Heraklion volvió a ser el centro administrativo de la isla.